食品伙伴网服务号
放大字体  缩小字体 发布日期:2024-04-09  来源:gene diagnosis公众号
核心提示:9.什么是chip-seq染色质免疫共沉淀技术(chromatinimmunoprecipitation,chip)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与dna相互作

9.什么是chip-seq

染色质免疫共沉淀技术(chromatinimmunoprecipitation,chip)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与dna相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将chip与第二代测序技术相结合的chip-seq技术,能够高效地在全基因组范围内 检测与组蛋白、转录因子等互作的dna区段。

chip-seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(chip)特异性地富集目的蛋白结合的dna片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的dna片 段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的dna区段信息。

10.什么是chirp-seq

chirp-seq( chromatin isolation by rna purification )是一种检测与rna绑定的dna和蛋白的高通量测序方法。方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针,把目标rna拉下来以后,与其共同作用的dna染色体片段就会附在到磁珠上,最后把染色体片段做高通量测序,这样会得到该rna能够结合到在基因组的哪些区域,但由于蛋白测序技术不够成熟,无法知道与该rna结合的蛋白。

11.什么是rip-seq

rna immunoprecipitation是研究细胞内rna与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现mirna的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的rna-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的rna进行测序分析。

rip可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀chip技术的类似应用,但由于研究对象是rna-蛋白复合物而不是dna-蛋白复合物,rip实验的优化条件与chip实验不太相同(如复合物不需要固定,rip反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有rna酶,抗体需经rip实验验证等等)。rip技术下游结合 microarray技术被称为rip-chip,帮助我们更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的rna变化。

12.什么是clip-seq

clip-seq,又称为hits-clip,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一项在全基因组水平揭示rna分子与rna结合蛋白相互作用的技术。其主要原理是基于rna分子与rna结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以rna结合蛋白的特异性抗体将rna-蛋白质复合体沉淀之后,回收其中的rna片段,经添加接头、rt-pcr等步骤,对这些分子进行高通量测序,再经生物信息学的分析和处理、总结,挖掘出其特定规律,从而深入揭示rna结合蛋白与rna分子的调控作用及其对生命的意义。

编辑:songjiajie2010

 
分享:
[ 网刊订阅 ]  [ 仪器设备搜索 ]  [ ]  [ ]  [ ]  [ ] [ ]
 

 
 
推荐图文
推荐仪器设备
点击排行
 
 
processed in 0.011 second(s), 14 queries, memory 0.88 m
网站地图